香港人權資訊中心發聲明指，是次修訂賦權警務人員要求「指明人士」提供電子設備密碼，指明人士不得以「免使自己入罪」為由拒絕配合，憑藉密碼取得的電子材料可被用於檢控，稱該做法變相強迫被調查人自證其罪，嚴重侵犯私隱權與程序公正。
至於如何判斷內容有無危害國安與社會，政務委員林明昕表示需依個案而定，也可能與陸委會、法務部會商。他也強調，網路內容違規懲處屬行政罰、而非刑責，政府若接獲檢舉或依職權知道將處理，但未規定機關每天擔任網路警察巡邏。
香港政府表示，新修訂的條文並非香港獨有，稱包括英國、澳洲、新西蘭、愛爾蘭及新加坡在內的的國家亦有相關法例。
陳培瑜指出，此一言論最荒謬且危險之處在於，完全忽略了中共對「台獨」的定義。在中共當局的眼中，只要拒絕接受一國兩制、主張「中華民國是主權獨立國家」，甚至僅是在國際場合展示青天白日滿地紅旗幟，皆被北京當局定義為「分裂國家」的台獨行為。
有法律學者認為，是次修訂進一步擴大執法部門的權力，認為在目前的修訂下，或會令到一些本身與調查無關的人也有機會牽涉在內。
然而，香港署理律政司司長張國鈞在會後向傳媒表示，在一般情況下，警方需要申請手令工作，但如果遇到極端及例外情況下，例如發現危害國家安全罪行即將發生，在沒有合理時間申請手令的情況下，可以行使相關權力。
國家安全法部分條文修正草案部分，增訂鼓吹戰爭言論的行政裁罰，草案明定，維護國安應及於中華民國領域內實體空間及網際網路空間，任何人不得以文字、圖畫、聲音、言語、影像、電磁紀錄或他法；公開鼓吹、倡議或支持外國、大陸地區、香港、澳門或境外敵對勢力對中華民國發動戰爭或採取非和平手段消滅中華民國主權。
黎恩灝又指，即使在有法庭的手令之下，亦不代表有足夠和獨立的司法把關及監督，「在國安法的體制裡面，裁判官或法官處理這些案件，可以是國安法的指定法官，如果裁判官認為不應該簽發手令，當局可以隨時要國安委或特首出一個證明書，證明這件事跟國安有關，那法庭是不能不跟隨的……現在簽不簽（手令），有多大的分別呢？我看不到。」
「是否代表別人有（法例），就代表內裡程序的保障都一樣有呢？似乎就未必。」黃啟暘說。
王美惠等人提案增列「或受其指示、委託或資助而再轉指示、委託或資助者」也納入處罰範圍；此外，鑑於現行規定往往僅能處罰發起人而無法處罰參與組織之人，草案也增加經營、管理、執行業務等文字，使相關參與組織實際營運之人也納入處罰範圍。
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解放軍去年底封鎖台海演習，加上近來對台灣內部滲透嚴重，行政院為此通過《國安法》修正草案，增加「參與組織罪」、與網路鼓吹戰爭等行為可處罰鍰，不過會議一開始，輪番上台發言，認為《國安法》對於危害國安的定義不明，恐侵犯人民言論自由，若強行通過，民進黨會對不起民主前輩鄭南榕。原民立委高金素梅更說，通過這樣的《國安法》，會讓台灣變成納粹德國，反對倉促修法。
立法會會議上，立法會議員嚴剛關注，若有嫌疑人稱忘記密碼、或故意輸入錯的密碼，執法人員如何判斷及處理。鄧炳強指需視乎情況而論，他又舉例，若一個人在三年前使用過該電子設備，忘記屬於合理；若當日曾經以密碼開鎖五次，則不是合理辯解。
香港保安局局長鄧炳強在立法會上表示，聽到有很多人指日後警方可隨意在街上要求市民解鎖電話密碼、影響私隱，他批評這種說法「是錯的、是嚇人、誤導人」。
鄧炳強又指，警方並不會隨便在街上要求市民交出電話密碼，而是必須基於國家安全的理由，向法庭申請手令之後，經批准後才能搜查相關電子設備。